Το επικείμενο κλείσιμο των στρατοπέδων στους Φιλιάτες και στο Καλπάκι πέρα από τις αντιδράσεις που προκαλεί στις τοπικές κοινωνίες και το γεγονός ότι μένει ακάλυπτη η παραμεθόριος, δημιουργεί ένα ακόμη πρόβλημα.
Αυτό αφορά στην Εθνοφυλακή και τους εκατοντάδες Εθνοφύλακες στους δύο νομούς καθώς και στις δύο περιπτώσεις τα προς κλείσιμο στρατόπεδα είναι αυτά που αποτελούν έδρα των Εθνοφυλάκων.
Οι Εθνοφύλακες είναι ενταγμένοι στις Ένοπλες Δυνάμεις, παίρνουν μέρος σε ασκήσεις, όμως ο ρόλος τους δεν εξαντλείται μόνο σε ζητήματα της Εθνικής Άμυνας καθώς μετέχουν και στην Πολιτική Προστασία.
Μέχρι στιγμής δεν έχει δοθεί καμία κατεύθυνση για το μέλλον της Εθνοφυλακής και στους δύο νομούς.